労働基準法
個々の労働者と使用者との関係を規律したものが「労働契約」、その労働契約を使用者が統一的・画一的に整理し規定したものが「就業規則」、労使間の集団的合意によるものが「労働協約」である。
就業規則は労働協約に反することはできず、労働契約は、就業規則に反することはできず、しかも労働協約に反することはできないという関係にある。
就業規則 法令及び労働協約との関係（法９２条、第93条）
（法令及び労働協約との関係）
第９２条
Ⅰ 就業規則は、法令又は当該事業場について適用される労働協約に反してはならない。
Ⅱ 行政官庁（所轄労働基準監督署長）は、法令又は労働協約に牴触する就業規則の変更を命ずることができる。
（労働契約との関係）
第９３条
労働契約と就業規則との関係については、労働契約法第１２条の定めるところによる。
労働契約法
（就業規則違反の労働契約）
第１２条
就業規則で定める基準に達しない労働条件を定める労働契約は、その部分については、無効とする。この場合において、無効となった部分は、就業規則で定める基準による。
１．労働契約に反してはならない
労働基準法第９２条第１項は、就業規則は、法令又は当該事業場について適用される労働協約に反してはならないと規定しているが、当該事業場の労働者の一部しか労働組合に加入していない結果、労働協約の適用がその事業場の一部の労働者に限られているときには、就業規則の内容が労働協約の内容に反する場合においても、当該労働協約が適用されない労働者については就業規則の規定がそのまま適用されることになる。
２．変更命令
所轄労働基準監督署長は、法令又は労働協約に牴触する就業規則の変更を命ずることができるのであり、自ら変更することができるのではない。
この場合において、変更を命ぜられた使用者が、就業規則を変更し、労働者の過半数で組織する労働組合等の意見を聴いたうえで所轄労働基準監督署長に届け出て初めて変更されたことになる。
３．労働契約法第１２条
労働契約法第１２条［就業規則の最低基準効］は、平成１９年の労働契約法の成立に伴い、労働基準法（旧第９３条）から同法に移行された規定である（平成２０年３月１日施行）。
本条にいう就業規則は、法第９１条及び法第９２条の場合における就業規則と同じく、常時１０人以上の労働者を使用する事業場の就業規則のみならず、常時１０人未満の労働者を使用する事業場の就業規則をも含むものである。（平成24.8.10基発0810第2号）
判例
就業規則の法的性質
健康診断受診の業務命令を拒否した労働者に対して、懲戒処分を行った事で、秋北バス事件の判決の考え方を踏襲し、就業規則が労働者に対し、一定の事項につき使用者の業務命令に服従すべき旨を定めているときは、そのような就業規則の規定内容が合理的なものである限りにおいて当該具体的労働契約の内容をなしているものということができる。（最一小昭和61.3.13電電公社帯広局事件）
不利益取扱い
稼働率８０％以下の者を賃上げ対象から除外するとし、年休、産休、労災による休業、スト等による不就労を稼働率算定の不就労時間とする旨の協約条項の効力が争われた事例である。
労働協約において稼働率80%以下の労働者を賃上げ対象から除外する旨の規定を定めた場合に、当該稼働率の算定に当たり、不就労の原因を問わず、欠勤、遅刻、早退等労働者の責に帰すべき原因によるもののほか、年次有給休暇、生理休暇、産前産後の休業、育児時間、労働災害による休業ないし通院、同盟罷業等労働基準法（以下「労基法」という。）又は労働組合法（以下「労組法」という。）において保障されている各種の権利に基づく不就労を含め、あらゆる原因による不就労を全体としてとらえて前年１年間の稼働率を算出し、それが８０％以下となる者を翌年度の賃金引上げ対象者から除外することは、労基法又は労組法上の権利に基づくもの以外の不就労を基礎として稼働率を算定する限りにおいては、その効力を否定すべきいわれはないが、反面、同条項において、労基法又は労組法上の権利に基づく不就労を稼働率算定の基礎としている点は、労基法又は労組法上の権利を行使したことにより経済的利益を得られないこととすることによって権利の行使を抑制し、ひいては、右各法が労働者に各権利を保障した趣旨を実質的に失わせるものというべきであるから、公序に反し無効であるといわなければならない。（最一小平成元.12.14日本シェーリング事件）
優先順位は、原則として次の通りである。
①法令＞②労働協約＞③就業規則＞④労働契約
